此時，李旦在東南亞的生意和西班人起衝突，西班牙人沒收了他在東南亞的財産，李旦便退回日本，專心經營日本-臺灣一綫。由于當時明朝和荷蘭的爭執，影響到李旦當時的中日台間的商業利益，因此李旦派鄭一官去經營日本-台灣一綫，這也是李旦介入明朝和荷蘭的手段。
當時的背景是，荷蘭人已是西方海洋經濟世界的“超級大國”，他們的軍事和商業複合體“東印度公司”到處攔截葡萄牙、西班牙商船，在日本平戶建立商館，並在今天的印尼-雅加達建立大本營。
於是在20歲那年，鄭一官離開田川氏和還沒有出生的兒子，被李旦派到澎湖，擔任荷蘭人的通事（翻譯）。但荷蘭人這時正與明軍進行軍事對峙，雙方沒有交往，中國商人也不可能與荷蘭人交易，故鄭一官的通事派不上用場。但一官在荷蘭占領澎湖的艦隊司令的信上留下了紀錄：“等候好多時的帆船于日本出航，月底到達此地。…我們接納了來自日本的一名通事，雖然給予優厚待遇，但目前對我們沒有什麽用處。”
