高達12.6兆美元的抵押貸款市場主要可以分成三部份，Agency MBS、Non- Agency MBS以及無證券化的抵押貸款，而造成次貸危機最大的則是在Agency MBS、Non- Agency MBS，非證券化的抵押貸款影響較小，在此不予討論。
Agency MBS是指政府贊助企業(GSE)所保證的MBS，這三家擔保公司分別為美國政府全國房貸協會(GNMA)、聯邦國家房貸協會(FNMA)以及聯邦住宅抵押貸款公司(FHLMC)，Agency MBS所擔保的MBS幾乎等同於美國公債，因此很多國家的中央銀行也會投資Agency MBS。Fannie Mae和Freddie Mac發行約5兆美元的MBS，其中外國央行持有高達9,790億美元，大多數又握在亞洲國家央行手中。
半官方的Fannie Mae和Freddie Mac不直接提供貸款，而是出面向各家購買房貸，再以一池子的房貸資產證券化(MBS)，出售於投資大眾，藉此活絡金融市場，讓銀行有意願以低廉的房屋貸款，借給美國的中低收入家庭。目前Fannie Mae和Freddie Mac房貸金額總和佔全美房貸市場五成，約5.3兆美元，位居龍頭地位，這兩家公司則是第二波次級風暴的核心。
第三家房貸機構Ginnie Mae是美國政府百分百持有的機構，不發行債券，主要是對經過聯邦住宅局以及退伍軍人局保證之房貸，提供即時償付本息保證。若房貸借款人或不動產抵押證券發行人違約無法清償時，Ginnie Mae對其保證的不動產抵押證券投資人必須負清償的責任。Ginnie Mae因有政府保障，所發行的MBS表現持續優於Fannie Mae和Freddie Mac。
Non-Agency MBS佔總房貸市場約1/4，依客戶信用能力可分為三層，依序為Prime Jumbo、Alternative A(Alt-A)以及Subprime，Prime Jumbo是指信用等級高，收入穩定可靠的優良客戶；Alt-A為過去信用紀錄不錯，但是無法提出收入證明的人；Subprime是指收入證明缺失，負債較重的人，Subprime是金融風暴的起源。
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